Στην περίπτωση του αυτόνομου Φ/Β συστήματος, η ηλεκτρική ενέργεια που παράγετε από τις Φ/Β κυψέλες, αποθηκεύται σε συσσωρευτές (μπαταρίες). Οι συσσωρευτές μας προμηθεύουν με ηλεκτρισμό όταν τους ζητηθεί, π.χ. τη νύχτα.
Ένας ρυθμιστής φόρτισης προστατεύει τους συσσωρευτές απο την υπερφόρτιση όπως και απο την ολική τους αποφόρτιση. Για τη χρήση ηλεκτρικών συσκευών με εναλλασόμενο ρεύμα (230 VAC) το σύστημα χρειάζεται έναν μετατροπέα (inverter).
Αυτόνομα Φ/Β συστήματα χρησιμοποιούνται κυρίως σε εξοχικά σπίτια, τροχόσπιτα, σκάφη, όπως και σε απομακρυσμένα σημεία όπου δέν υπάρχει ηλεκτρικό δίκτυο.